Prestasi akademik siswa/siswi dan berkembangnya potensi dan kreativitas anak-anak tidak menjadi satu-satunya tujuan pendidikan di SD Muhammadiyah Tamanagung. Namun, tujuan yang utama dari proses pendidikan di SD Muhammadiyah Tamanagung adalah lahirnya generasi Islam yang berlandaskan iman dan taqwa terhadap Allah SWT.

Adanya landasan iman dan taqwa kepada Allah diharapkan bisa menjadi kunci sukses siswa/siswi SD Muhammadiyah Tamanagung karena jika hanya mengandalkan prestasi akademik, maka kualitas sumber daya manusia (SDM) yang dihasilkan juga belum sempurna. Dengan kondisi semacam itu, maka SD Muhammadiyah Tamanagung menyelenggarakan ekstrakulikuler madrasah diniyah (Madin).

Madin ini merupakan ekstrakulikuler yang hampir mirip dengan proses belajar mengajar pada umumnya, namun materi yang disampaikan lebih fokus pada materi Al Islam. Dalam era modernisasi dan globalisasi, sekolah jenis Madin ini mulai ditinggalkan dan kesampingkan. Namun, bagi SD Muhammadiyah Tamanagung, Madin tidak hanya menjadi pendukung bagi kegiatan akademik. Bahkan, Madin sudah menjadi komponen utama dalam proses belajar mengajar di SD Muhammadiyah Tamanagung.

Ekstrakulikuler Madin ini sudah dijadikan penopang utama proses pembelajaran di SD Muhammadiyah Tamanagung sebab yang paling utama dari proses yang dilakukan di SD Muhammadiyah Tamanagung adalah terciptanya generasi baru yang tidak hanya berprestasi dalam bidang akademik dan kreatif, namun juga generasi yang beriman dan bertaqwa pada Allah SWT.

Ekstrakulikuler Madin merupaka ekstra wajib bagi siswa/siswi kelas IV dan V. Ekstrakulukuler ini diberikan selama empat hari dalam satu pekan (Senin-Kamis) dan dilakukan setelah siswa selesai mengikuti pembelajaran (Madin dimulai 13.30 WIB-15.00 WIB). Materi yang disampaikan berkaitan dengan Al Islam yaitu Ibadah Syariah, Bahasa Arab, Qur’an & Hadist, Sejarah Kebudayaan Islam hingga Aqidah dan Akhlak.

Berbagai prestasi telah diraih ekstrakulikuler Madin di antaranya adalah Juara Umum Perkemahaan Madin se-Kabupaten Magelang 2007/2008 di Ponpes Tidar, Magelang dan Juara II lomba PAI dan BTQ putra dalam Lomba Mapel dan Seni Islam ke-10 Siswa SD se-Kecamatan Muntilan Tahun 2007 atas nama siswa Bayu Ajimas Sholikhin.